超市买来的中国进口牛肝菌里发现3个从未命名的新物种,是怎么回事?

英国皇家植物园的真菌学家Bryn Dentinger的太太从伦敦一超市买了袋中国进口的牛肝菌,Bryn拿了15块去实验室测了DNA序列(植物条形码ITS),分析后发现包含3个从未命名的新物种。PeerJ今天发表了这项研究 http://t.cn/RhXBgOu 只是,那3物种名命的有点直白:meiweiniuganjun...


http://weibo.com/2636463131/Bnjvt7OiO

推荐  (0) | 13人关注关注
10个答案
51 0

分子系统学(Molecular phylogene或者molecular systematics)是用一些DNA片段作为标记,通过分析其在不同群体(比如说,物种)中的序列差异来重建这些群体的演化关系的研究方法。很显然,这种研究方法是基于已有的经典分类学结论,为之提供演化证据和修正的。

但有些时候,分子手段也可以先行于经典分类方法,在标本不足的情况下先建立系统演化关系,极端情况下甚至可以划分新的分类群。这个牛肝菌的研究就是这样一个例子。

下面我分析一下这个研究:

1. 什么是ITS。
这个研究用到的分子标记是nrDNA ITS。ITS=internal transcribed spacer,转录间隔区,是DNA中不编码蛋白质的片段。由于这样的片段不携带可表达的遗传信息,因此不会受到自然选择的影响。换言之,ITS的变异速率可以视作等同于完全随机的中性突变的速率。(P.S.,功能基因的变异速率往往慢得多,可以想想是为什么。)

因为ITS的变异速率稳定,它被广泛地用于分析类群间分化的时间,并以此建立系统发育树。原理很简单:来自两个类群的ITS片段的序列差异越大,说明它们在演化上分道扬镳的时间越久。另外,由于中性突变发生的频率固定且已知,还能根据这些序列差异推断分化发生的时间,也就是“分子钟”。ITS还是用于鉴定物种的DNA条码技术(DNA Barcoding)采用的标记之一。

不过,这个突变频率也限制了用ITS(以及其他的非编码区序列)分析演化关系的精确度。通过分子钟得到的分化时间,单位是百万年,再短的就没有意义了。而ITS也很难用于物种以下的分类等级(比如说亚种、变种)的分析。

2.本文的3个新种是如何确定的。

简单说一下这个图。这是一棵系统发育树,标红的地方各自构成了三个独立的分支,其中每一支都是由一个单独的祖先分化形成的,并且每一支都包含了那个祖先的所有后代。这样的类群叫做单系类群(Monophyletic group),是分类学家最喜欢看见的类群形式,因为它符合演化生物学里“单一起源”的基本假设。

根据经典分类方法确定的分类群,有太多的人为因素,因为分类阶元都是人定的。而现代分类学家的工作,基本上就是研究某一个分类群是否单系。如果是,那这个类群就是“自然的”,可以放心大胆地确定其分类和演化地位;反之,则这个类群需要合并或拆分。上图中这三个分支就是依据上述原则被定成了新种。

不过我认为这个研究的处理还不够严谨,因为用来做参照物的两个近缘种(Boletus edulisB. aereus)没有提供足够多的样本,它们俩与这三个新种之间的演化关系是不清楚的。同样作为“物种”这一等级,这5个类群应该有各自独立的祖先,也就是说图里最上面两条分支,后面也应该是和下面三个一样形状的“小树”。但由于样本量不够,我们不知道它们真实的演化关系是怎样的。


这是两种可能性的示意图。上面的树是ABC三个种都能成立的状态:它们各自是一个单系类群并且有一个更久远的共同祖先。下面的树里,A'的祖先实际上是A' B'和C'的共同祖先,也就是说如果把A'单独作为一个种,它就没有包含其祖先的所有后代。这样的分类群叫并系类群(paraphyletic group),它不是一个自然类群,因为不完整。同时,把A'和演化关系实际上位于其分支内的B'和C'平等地处理成物种,是不合适的。

本研究没能提供这样的信息,所以这三个新种的确定是有缺憾的。

3. 命名的问题
这是这篇论文的萌点所在。作者显然是根据包装袋上的汉语拼音起了这三个新种的种加词。这样做没有违反命名法规,但是会造成一定程度的混乱,尤其是在中文语境下。B. meiweiniuganjun如果要起中文名,不能叫美味牛肝菌,因为这是B. edulis的中文名;edulis是可食用的意思,跟B. shiyong又冲突了。当然在全都用拉丁学名的分类文献里这不是问题。

##名称的玩笑无伤大雅,但另外一个问题就比较致命了。《国际藻类、真菌、植物命名法规》规定,种和种以下的名称必须指定模式标本,本文的情况显然是无法指定模式标本的。另外也无法依据切片的蘑菇干对其形态进行描述。所以这三个名称不能被视作合格发表。(有变通的可能,但文章里看不出来)##

修正,作者把这三个种描述并在线发表了,http://www.indexfungorum.org/Publications/Index%20Fungorum%20no.29.pdf。然而我很好奇他怎么通过切片的蘑菇干描述出整个子实体的……模式标本保存在Kew Garden。

综上所述,这篇文章有相当大的游戏成分。它的价值,正如作者在结尾所说,归于DNA条码技术在食物和生物产品国际贸易中的应用前景。

0 0

null.二到不治而亡

2014-09-17 20:32

美味牛肝菌meiweiniuganjun、白牛肝菌,bainiugan 食用牛肝菌 shiyong

0 0

大家是没有足够的知识和设备,不然可能也会发现新物种……

0 0

美味牛肝菌、食用和白牛肝这三个。我想知道如果真的是定下来的话,怎么翻译回来,呃

0 2

9910数学苦手 菜鸟级航模设计师

2014-09-19 09:34

我是被主页的标题骗进来的 主页的标题是“为什么新牛肝菌物种会命名为meiweiniuganjun?” 进来以后变成了“超市买来的中国进口牛肝菌里发现3个从未命名的新物种,是怎么回事?” 与描述不符 点32个差评!!!!!

0 22

天朝的东西被外国人先发现,做植物科研的不害臊么?

查看更多

添加回答

登录 后回答问题,你也可以用以下帐号直接登录

相关问答

关于我们 加入果壳 媒体报道 帮助中心 果壳活动 家长监控 免责声明 联系我们 移动版 移动应用

©果壳网    京ICP证100430号    京网文[2018] 6282-492号    新出发京零字东150005号     京公网安备11010502007133号

违法和不良信息举报邮箱:jubao@guokr.com    举报电话:18612934101    网上有害信息举报专区    儿童色情信息举报专区